ca.cioos
223a40da-5999-4755-a8f4-cbaee3057278
Hakai Institute
PO Box 25039 British Columbia, V9W 0B7
Campbell River
Canada
data@hakai.org
https://www.hakai.org/
WWW:LINK
https://ror.org/02pry0c91
Fisheries and Oceans Canada
200-401 Burrard St. V6C 3S4
Ottawa
Canada
info@dfo-mpo.gc.ca
https://www.dfo-mpo.gc.ca
WWW:LINK
https://ror.org/02qa1x782
Deeg, Christoph
Christoph.Deeg@dfo-mpo.gc.ca
Postdoctoral Fellow
Fisheries and Oceans Canada
200-401 Burrard St. V6C 3S4
Ottawa
Canada
info@dfo-mpo.gc.ca
https://www.dfo-mpo.gc.ca
WWW:LINK
https://ror.org/02qa1x782
Deeg, Christoph
Christoph.Deeg@dfo-mpo.gc.ca
Postdoctoral Fellow
Fisheries and Oceans Canada
200-401 Burrard St. V6C 3S4
Ottawa
Canada
info@dfo-mpo.gc.ca
https://www.dfo-mpo.gc.ca
WWW:LINK
https://ror.org/02qa1x782
Deeg, Christoph
Christoph.Deeg@dfo-mpo.gc.ca
Postdoctoral Fellow
2023-09-12T17:12:50.871Z
revision
2023-09-12
publication
ISO 19115-1 Geographic information - Metadata
First Edition 2014-04-01
ISO 19115-2 Geographic information - Metadata
Second Edition 2019-01
ISO 19115-1 Geographic Information - Metadata Amendment 1
2018-02
Canadian Integrated Ocean Observing System Metadata Profile of ISO 19115
2019-11-06
publication
Environmental DNA (eDNA) data from the 2019 and 2020 Gulf of Alaska International Year of the Salmon Expeditions
Données d'ADN environnemental (ADNe) des expéditions 2019 et 2020 de l'Année internationale du saumon dans le golfe d'Alaska
2019-02-18
creation
2022-06-17
publication
10.21966/2cpk-8922
North Pacific Anadromous Fish Commission
Suite 502, 889 West Pender Street, V6C 3B2, British Columbia
Vancouver
Canada
secretariat@npafc.org
https://npafc.org
WWW:LINK
https://ror.org/01wgn9x88
Fisheries and Oceans Canada
200-401 Burrard St. V6C 3S4
Ottawa
Canada
info@dfo-mpo.gc.ca
https://www.dfo-mpo.gc.ca
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https://ror.org/02qa1x782
Deeg, Christoph
Christoph.Deeg@dfo-mpo.gc.ca
Postdoctoral Fellow
Fisheries and Oceans Canada
200-401 Burrard St. V6C 3S4
Ottawa
Canada
info@dfo-mpo.gc.ca
https://www.dfo-mpo.gc.ca
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https://ror.org/02qa1x782
Deeg, Christoph
Christoph.Deeg@dfo-mpo.gc.ca
Postdoctoral Fellow
Fisheries and Oceans Canada
200-401 Burrard St. V6C 3S4
Ottawa
Canada
info@dfo-mpo.gc.ca
https://www.dfo-mpo.gc.ca
WWW:LINK
https://ror.org/02qa1x782
Deeg, Christoph
Christoph.Deeg@dfo-mpo.gc.ca
Postdoctoral Fellow
Fisheries and Oceans Canada
200-401 Burrard St. V6C 3S4
Ottawa
Canada
info@dfo-mpo.gc.ca
https://www.dfo-mpo.gc.ca
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https://ror.org/02qa1x782
Miller-Saunders, Kristi
kristi.saunders@dfo-mpo.gc.ca
https://orcid.org/0000-0002-2667-712X
Program Head of Salmon Genetics
This dataset contains environmental DNA (eDNA) data collected in the Northeast Pacific Ocean. These data were collected as part of the International Year of the Salmon (IYS) Gulf of Alaska High Seas Expedition conducted in March and April 2020 and 2021, to further improve the understanding of factors impacting salmon early marine winter survival. eDNA analysis uses the free DNA shed from organisms and available in the environment to assess species diversity and composition. The eDNA database will provide overall composition of nekton, micronekton and zooplankton allowing estimation of salmon prey and potential predators. Water collected with Niskin bottle from 2-3m. 2L filtered onto Sterivex column for each replicate. Filters flash frozen. DNA extracted from filters using DNeasy kits (QUIAGEN).
16S and COI rRNA gens were amplified with PCR and sequenced on Illumina MiSeq platform using SE at 300 cycles. Reads were processed using obitools (https://pythonhosted.org/OBITools/welcome.html) and queired against nt using BLASTn. Reads were assigned to OTU using MEGAN (https://uni-tuebingen.de/fakultaeten/mathematisch-naturwissenschaftliche-fakultaet/fachbereiche/informatik/lehrstuehle/algorithms-in-bioinformatics/software/megan6/). Results were filtered using a cuttoff of >/=10 reads for positive detection. Detection of obvious contaminations belonging to human or food waste (sheep, pig, chicken, cow) as well as artificial positive controls were removed. For detailed information contact Dr. Christoph Deeg: chdeeg@mail.ubc.ca
Ce jeu de données contient des données d'ADN environnemental (ADNe) collectées dans le nord-est de l'océan Pacifique. Ces données ont été collectées dans le cadre de l'expédition en haute mer dans le golfe d'Alaska de l'Année internationale du saumon (AIJ) menée en mars et avril 2020 et 2021, afin d'améliorer encore la compréhension des facteurs ayant une incidence sur la survie hivernale précoce du saumon en mer. disponibles dans l'environnement pour évaluer la diversité et la composition des espèces. La base de données EDNA fournira la composition globale du nekton, du micronekton et du zooplancton, ce qui permettra d'estimer les proies du saumon et les prédateurs potentiels. Eau recueillie avec une bouteille Niskin de 2 à 3 m. 2 litres filtrés sur colonne Sterivex pour chaque réplique. Les filtres sont gelés. ADN extrait des filtres à l'aide de kits DNEasy (QUIAGEN).
Les gènes d'ARNr 16S et COI ont été amplifiés par PCR et séquencés sur la plateforme Illumina MiSeq en utilisant l'ES à 300 cycles. Les lectures ont été traitées à l'aide d'obitools (https://pythonhosted.org/OBITools/welcome.html) et ont été interrogées pour ne pas utiliser BlastN. Les lectures ont été attribuées à l'OTU à l'aide de MEGAN (https://uni-tuebingen.de/fakultaeten/mathematisch-naturwissenschaftliche-fakultaet/fachbereiche/informatik/lehrstuehle/algorithms-in-bioinformatics/software/megan6/). Les résultats ont été filtrés en utilisant un seuil de >/=10 lectures pour une détection positive. La détection de contaminations évidentes appartenant à des déchets humains ou alimentaires (mouton, porc, poulet, vache) ainsi que les témoins positifs artificiels ont été supprimés. Pour plus d'informations, contactez le Dr Christoph Deeg : chdeeg@mail.ubc.ca
oceans
true
-154.1
-124.5
47.67
58.94
2.0
3.0
5831
EPSG
2012-08-10
EPSG::5831 - Instantaneous Water Level depth - Depth relative to instantaneous water level uncorrected for tide. Not specific to any location or epoch.
vertical
2019-02-18T20:00:00.000Z
2020-04-05T19:00:00.000Z
asNeeded
Generated from https://cioos-siooc.github.io/metadata-entry-form
Oceans
Government of Canada Core Subject Thesaurus
2016-10-13
N/A
International Year of the Salmon
eDNA
Fish abundance and distribution
Année internationale du saumon
default
fishAbundanceAndDistribution
zooplanktonBiomassAndDiversity
Abondance et distribution de poissons
Biomasse et diversité de zooplancton
eov
Creative Commons Attribution 4.0 Attribution
CC-BY-4.0
https://creativecommons.org/licenses/by/4.0
WWW:LINK
Hakai Institute
PO Box 25039 British Columbia, V9W 0B7
Campbell River
Canada
data@hakai.org
https://www.hakai.org/
WWW:LINK
https://ror.org/02pry0c91
https://github.com/international-year-of-the-salmon/2019-2020-eDNA/archive/refs/heads/main.zip
WWW:LINK
2019 and 2020 eDNA data repository
Référentiel de données eDNA 2019 et 2020
.zip file for the 2019 and 2020 IYS eDNA data
fichier .zip pour les données eDNA 2019 et 2020 de l'IYS
https://doi.org/10.1002/edn3.404
WWW:LINK
paper: Environmental DNA survey of the Winter Salmonosphere in the Gulf of Alaska
article : Étude de l'ADN environnemental de la salmonosphère hivernale dans le golfe d'Alaska
Paper by Deeg et al., (2023) containing the eDNA data from the 2019 and 2020 IYS Expeditions in the Gulf of Alaska
Article de Deeg et al., (2023) contenant les données eDNA des expéditions IYS de 2019 et 2020 dans le golfe d'Alaska
asNeeded
IMO: 9211810
Pacific Legacy NO 1 and Professor Kagonovsky
Pacific Legacy
Instrument ID (serial number or link to controlled vocabulary term)
research vessel